國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

固體微結(jié)構(gòu)物理國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

計(jì)算機(jī)軟件新技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

現(xiàn)代配位化學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

醫(yī)藥生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

內(nèi)生金屬礦床成礦機(jī)制研究國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

污染控制與資源化研究國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（與同濟(jì)大學(xué)合建）

生命分析化學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

介觀化學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

中尺度災(zāi)害性天氣教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

南京大學(xué)聲學(xué)研究所（近代聲學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）

省部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

江蘇省電磁波先進(jìn)調(diào)控技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

江蘇省地理信息技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

江蘇省光電信息功能材料重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

江蘇省納米技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

人文社科研究基地

南京大學(xué)中國(guó)新文學(xué)研究中心

中國(guó)南海研究協(xié)同創(chuàng)新中心